1152年，新任同安主簿朱熹上山拜见郑樵，郑樵仅用“豆腐、白盐、白姜、荞头”相待，两人谈诗论文三天三夜；下山时，朱熹的书童对此颇有微词，朱熹却说：“此‘四白’乃山珍海味齐全也。”

　　二次献书

　　1157年，郑樵初步写出了长达200卷、600多万字的史学巨著《通志》初稿。就在他为无钱买文房四宝抄正《通志》成书而发愁时，所幸有抗金派官员王纶、贺允中、汪应辰等人举荐，郑樵才得以入京受到宋高宗的召对。在召对时，郑樵见皇帝也欣赏自己的学术，就当场提出要求皇帝允许他归山著述《通志》，以便早日把《通志》献给朝廷。由于高宗不能体会郑樵的一番苦心，硬是把他留在朝廷担任一个管理文书档案的小官。

　　就在这时，由于郑樵的学术批判和科学精神，得罪了朝中的许多学士大夫，因此他们不愿意看到山林穷儒出身的郑樵也在朝中为官，于是当即有御史叶义问出面以莫须有的罪名弹劾郑樵，昏庸的宋高宗不分青红皂白，竟批准了叶义问的弹劾，让郑樵以监潭州南岳庙的祠官回夹漈山抄正《通志》。

　　绍兴二十八年（1158年），55岁的郑樵应高宗召对。明代周华《福建兴化县志》（《游洋志》）详实记述了高宗与郑樵的一段对话。郑樵上殿向皇帝奏说：“臣处山林30多年，写书共50种。未完成的这部史书以历代史籍为依据，始自三皇，终止五代，取名《通志》。此书参考司马迁的体例，但与《史记》又有不同之处。臣摘取纲目十二篇，名叫《修史大例》，先呈给陛下。”接着，郑樵陈述了对《史记》和《资治通鉴》的看法，并谈到自己写史是参照前人的史体，同时又有创新的地方。高宗不胜钦佩地说：“朕听到你的大名久了，古学，自成一家，何其相见之晚呢？”郑樵请求回归山林，说：“臣是麋鹿之性，草茅小民，终爱山林，还请陛下体谅。”高宗下旨，授郑樵为右迪功郎、礼兵部架阁文字，后改监潭州南岳庙，让他回家继续把《通志》写完。

　　三次献书

　　郑樵第三次献书是绍兴三十一年（1161年），郑樵带着200卷、近七百万字的《通志》，步行两千里来到临安，进《上殿通志表》。时适“高宗幸建康（今南京）”，无缘得见，经辗转传递，得一道诏书，升他为“枢密院编修”，兼权“检详诸房文字。最使他高兴的是朝廷居然允许他入“秘书省翻阅书籍”。郑樵满以为可以实现渴望已久的夙愿，幻想着要博览秘府宝卷，计划借此机会整理一番古往今来的天下图书，然而遗憾的是官场黑暗，希望成了泡影。

　　次年（1162年）春天，宋高宗自建康回临安，记起郑樵献书之事，于是命郑樵呈献《通志》，就在高宗诏旨下达的当天，郑樵由于积劳成疾与世长辞，时年59岁。“海内之士知与不知，皆为痛惜。太学生三百人为文以祭”。