绍兴八年（1138年），郑樵在《上方礼部书》中，明确地向朝廷提出了自己著《通志》的愿望。这时，郑樵的渊博学问和远大抱负得到抗金派宰相赵鼎、张浚等人的重视。但由于宋高宗重用投降派首领秦桧为宰相，赵鼎等人很快被秦桧排斥出朝廷，并被严加迫害。从此至绍兴二十五年（1155年）。秦桧不但不支持郑樵著《通志》，反而接连三次下禁令严禁私人修史和著述，违者以"擅修国史"罪论处。

　　遭受打击

　　绍兴十八年（1148年），郑樵遭受一个又一个厄运的打击，先是胞弟郑槱不幸早亡，继而幼子郑惕和妻子陈氏相继死去，就在郑樵沉浸在巨大的精神打击时，秦桧又下了一道严禁私人修史和著述的禁令。这道禁令终于激怒了郑樵，于是他在这一年的冬天，毅然背起又著成的140卷新书，徒步走到南宋京都杭州，他要直接把新书献给皇帝，请求皇帝准许他继续著述。然而，由于秦桧的阻挠，尽管郑樵在杭州苦苦等待了一年时间，依然见不到皇帝，也得不到朝廷准许他续著的公文。郑樵见自己著《通志》的路已被朝廷当权者堵死，悲愤不已，但也无可奈何。为了能把自己平生研究的学问传给后人，郑樵在回归山林之日起，就把书房搬迁到远离人烟的夹漈山主峰侧的高山虚谷中，并在夹漈草堂开始著述一部远避宋朝国史三百年的史学巨著《通志》。他要把自己心中的全部愤懑，倾注于《通志》之中。

　　首次献书

　　绍兴十九年（1149年），他献出所著的一百四十卷书“诏藏秘府”。从16岁结庐茅山中，到出山献书，计三十余年。其间“十年为经旨之学”，著有《书考》、《诗辨妄》、《春秋考》等，其中《诗辨妄》在诗学界的影响很大，连朱熹也不得不佩服其见识之高明。“三年为礼乐之学”，写出了具有重要学术影响的著作《谥法》、《系声乐府》等。“三年为文字之学”，如《象类书》、《续汗简》、《梵书编》等著述在中国文字学、音韵学史上都占据着重要的位置。“五六为天文地理之学，为虫鱼草木之学，为方书之学”。写出了一批很有分量的著作，如《天文书》、《春秋地名》、《尔雅注》、《诗名物志》、《本草成书》等。“八九年为讨论之学，为图谱之学，为亡书之学”。写出了《求书阙记》、《校仇备略》、《书目正讹》、《图书志》、《集古系地录》等在中国图书目录、校雠学发展史上具有相当影响的作品。