元军见劝降无望，就把陈文龙押往杭州。他从离开莆田即开始绝食，行至合沙时，赋诗一首给他的仲子诀别，表达了视死如归、尽忠报国的强烈心声。（《陈忠肃公墓录》）

　　《元兵俘至合沙，诗寄仲子》

　　斗垒孤危力不支，书生守志誓难移。自经沟渎非吾事，臣死封疆是此时。

　　须信累囚堪衅鼓，未闻烈士竖降旗。一门百指沦胥尽，惟有丹衷天地知。

　　陈文龙到杭州后，被囚禁在太学里。景炎二年（1277年）4月25日，他要求拜谒岳飞庙。当他以孱弱之躯蹒跚进入岳庙时，不禁失声痛哭，哀恸悲绝，当晚死于庙中，年仅46岁，后被葬在西湖智果寺的翠竹园里。陈母被拘禁在福州一座尼庵中，身患沉疴，而不愿看病服药。她对监守说：“吾与吾儿同死，又何恨哉？”周围的人无不为之黯然泪下，感叹：“有斯母，宜有是儿。”至此，陈文龙一家，包括其季弟陈用虎（弟媳朱氏在陈文龙被俘后就自缢）、其叔陈瓒，都忠贞不屈，为国捐躯。

　　精灵接前贤 英风总肃然

　　明初，朝廷下令访求民间应祀神祇，“凡有功国家及惠爱在民者，着于祀典，令有司岁时致祭。”在上报的名单中，朱元璋特别重视南宋隆名并峙的两状元文天祥和陈文龙。于是，在福建境内建有“历代奉旨祀典”陈庙十余座，我市中山公园北门原有的陈文龙祠就是其中之一。在祭祀陈文龙的寺庙中，以福州阳岐的尚书祖庙时间最早。相传当年阳岐村民在乌龙江边拾到陈文龙遗落的官袍，便自发集资在兴化古道边建庙。明天启七年（1627年），当地村民及部分莆仙籍商贾，出于对陈文龙的敬仰，将原庙宇移至阳岐村凤鸣山下。庙建成后，历经沧桑，几度重修。庙前空坪上至今保存了几方古代残碑，分别记载了清乾隆四十六年（1782年）、嘉庆九年（1804年）、道光二十年（1840年）、咸丰九年（1859年）和光绪十年（1884年）五次重修的情况。其中乾隆碑刻载：“祖殿水部尚书三次敕封，加封镇海王”。所以福州百姓都称陈文龙庙为“尚书庙”，陈文龙为“尚书公”。福州市区的其他4座庙均由此分香，阳岐尚书庙也被称作“尚书祖庙”。1919年，阳岐人、大思想家严复发起又一次重修。他亲自撰写《重建尚书祖庙募缘启事》，福建督军李厚基、省长萨镇冰、前清福州知府叶大庄等都有善捐。严复为祖庙题写镌刻了3副石柱联，其中大殿正门的草书联为“十万家饭美鱼香，惟神之助；百余乡风清魔伏，为民所依。”他还赋诗“天水亡来六百年，精灵犹得接前贤。而今庙貌重新了，帐里英风总肃然。”表达了对陈文龙民族气节和爱国精神的景仰之情。

　　历代史传、诗文、戏曲等都对陈文龙备加褒扬。明永乐六年（1409年），朝廷封陈文龙为“水部尚书”，能保佑航运、渔民，加封“水部尚书、镇海王”；清乾隆四十六年（1782年）皇帝加封陈文龙为镇海王。明清时期，每三年科举后，历朝皇帝都委派新科状元率册封团赴琉球（今冲绳）、台湾册封当地官员。册封团在海上行船为祈求平安，将陈文龙立于船中祭拜。由此，就有了“官船拜陈文龙、民船拜妈祖”之说。闽台及东南亚等地，都将陈文龙比作“海上保护神”。，福州人称文龙为“尚书公”。仅在台湾和马祖，保存完好的陈文龙庙就有16座之多。