果然不出所料，朝廷虽然罢黜了贾似道，但又起用了投降派陈宜中为宰相。不久，元军攻下了临安北面文天祥据守的独松关，附近的郡守县令风声鹤唳，争相弃官逃亡。12月28日，陈文龙与文天祥、陈宜中、张世杰等文臣武将商议。陈文龙主张背城一战，他对张世杰说：“宋家天下，被人坏了，今无策可支。愿太尉无奈收拾残兵出关一战，大家死休报国足矣！”文天祥主张入闽广再图匡复，可陈宜中力赞议和，最后陈的意见得到谢太后的同意，遂于德佑二年（1276年）正月，派人向元军奉表称臣。

　　陈文龙痛心疾首，便以母老乞求归养为辞，无限惆怅地回到了故乡莆田。德佑二年2月，元军攻陷了南宋首都临安，宋恭宗及皇室成员被俘北去。5月，益王赵正在张世杰、陆秀夫等大臣的拥立下，在行都福州登基，陈文龙再次被起用为参知政事（左相）。9月，元军向闽粤进军，兵锋直向榕城，福州知府不战而降。张、陆等保护端宗从海上逃亡避难于泉州。朝廷任命陈文龙依前职充闽广宣抚使，并于兴化（莆田）开设衙门。

　　于是，陈文龙倾尽家财招募兵勇组成民军，厉兵秣马备战。在福州、泉州两城守将先后叛降后，陈文龙固守孤垒，四次斩杀前来劝降的元使，并在城头竖起“生为宋臣，死为宋鬼”的大旗，以表明心迹、激励士气。最后一次其姻亲被元军抓来劝降，陈文龙大义灭亲，复信说：“孟子曰'效死弗去’，贾谊曰'臣死封疆’，国事如此，不如无生，惟当决一死守……若以区区之守义为不然，或杀身复家，鄙意则虽阖门磔尸数段亦所愿也?请从此诀，勿复多言。”拳拳之心，跃然纸上。

　　守志誓难移 丹衷天地知

　　然而，大厦将倾，非一木可支。德佑二年12月，被陈文龙派往福州打探敌情的部将林华、陈渊，和降将王世强勾结，引元军来到兴化城下，通判曹澄孙开城投降，元兵蜂拥而至，陈文龙寡不敌众，力尽被擒。他见元军在城中放火烧杀，怒声喝斥：“速杀我，无害百姓。”（《宋史·陈文龙传》）

　　第二天，文龙和两子三女以及母、妻等一家人被押至福州元将董文炳军中，董令左右百般凌挫，陈文龙以手指腹正色道：“此皆节义文章也，可相逼邪？”周围的人无不为他宁死不屈的气节所感动。董文炳还不死心，对陈文龙说：“国家兴亡有成败，汝是书生，何不识天时？”陈文龙回答：“国亡我当速死?”元将唆都企图以“母老子幼”来动摇他，陈文龙慷慨而答：“我家世受国恩，万万无降理。母老且死，先皇三子岐分南北，我子何足关念。”（事见《弘治兴化府志·陈文龙传》）?其忠肝义胆的《复元将唆都书》也千古传颂，迄今仍为大学课文。