蔡卞为右丞，蔡京为翰林学士兼侍读、修国史。文及甫一案出现，命蔡京追查处理，蔡京逮捕内侍张士良，命他讲出陈衍事状，就以大逆不道罪处理陈衍，刘挚、梁焘一起受到弹劾。陈衍被诛杀，刘挚、梁焘也遭贬死，他们的子孙都被禁锢。王岩叟、范祖禹、刘安世被流放到远方。蔡京觊觎执政的位置，曾布知枢密院，忌恨蔡京，暗地对宋哲宗说蔡卞已备位枢府，蔡京不能同时被提拔，只进宫为承旨即可。

几度沉浮
　　元符二年（1100年），宋哲宗驾崩，端王赵佶登基，是为宋徽宗。宋徽宗即位，蔡京被罢官为端明、龙图两学士，知太原，皇太后命徽宗留蔡京完成修史工作。过了几个月，谏官陈馞弹劾他与内侍交结，陈馞获罪被斥退，蔡京也被贬，出知江宁，蔡京很不满，拖延着不去赴任。御史陈次升、龚夫、陈师锡相继议论他的罪恶，蔡京被夺去官职，让他提举洞霄宫，居住在杭州。

　　童贯以供奉官的身份到三吴访求名家书画、各种奇巧之物，在杭州住了几个月，蔡京极力巴结他，日夜陪伴他，凡是蔡京画的屏幛、扇带等物，童贯每天都送到宫中，并附上自己的评论，于是皇上开始留意蔡京。太学博士范致虚一向与左街道录徐知常友好，徐知常认为符水出入元符后殿，是在预示着什么，范致虚进一步交结他，讲出他平日意向，说非让蔡京为相，就不能有作为。不久，嫔妃、宦官也一起称赞蔡京，于是范致虚升为右正言，起用蔡京为定州知州。

　　崇宁元年（1102年），调蔡京知大名府。韩忠彦与曾布不和，谋划荐举蔡京以自助，于是，蔡京仍为学士承旨。徽宗有意修饰熙、丰政事，起居舍人邓洵武偏袒蔡京，做了《爱莫助之图》献给宋徽宗，宋徽宗才决定重用蔡京。韩忠彦被罢相，蔡京为尚书左丞，不久，蔡京取代曾布为右仆射，诏命传下那天，宋徽宗在延和殿召见他，赐坐，对他说：“神宗创法立制，先帝继承，两遭变更，国家大计还未确定。朕想继承父兄的遗志，卿有何指教？”蔡京叩头谢恩，表示愿效死力。崇宁二年（1103年）二月，迁任左仆射。

绍圣绍述
　　蔡京由放逐大臣被重新起用，一旦得志，天下人拭目以待，希望他能有所作为，而蔡京暗暗假托“绍述”的名义，掌握大权，钳制天子，用条例司故事，在尚书省设讲议司，自任提举，用他的党羽吴居厚、王汉之等十余人为僚属，重要的国事，如宗室、冗官、国用、商旅、盐泽、赋调、尹牧，每事由三人负责。所有决策，都出自讲议司。采用冯澥、钱谲的建议，又废元祐皇后，罢去科举法，令州县都仿照太学三舍法考试选官，在汴京城南建辟雍，为太学的外学，用以安置各地学者。在天下推行方田法。国家对江、淮七路茶实行专卖。盐钞法被全部改变，凡是旧盐钞都不使用，富商大贾曾拥有数十万缗，一朝化为乌有，成为乞丐，更有甚者竟赴水或吊死。淮东提点刑狱章縡见此情景对他们十分同情，于是上书说改盐钞法坑害百姓，蔡京大怒，免他的官；并铸当十大钱，陷害章縡所有的兄弟。御史沈畸等因办案不合蔡京意，有六人被捕或削官。陈馞之子陈正汇因上书触犯蔡京被处黥刑并流放到海岛。