崇祯十四年（1641年），清兵再度大规模的进攻，明朝的边防重镇锦州失陷了，蓟辽总督洪承畴被活捉，投降作了汉奸。明政权同时受到农民革命和清兵的两方面威胁。在这一年项圣谟所创作的《山水花鸟册》中，他又把三年前所作《斗鸡图》重画了一遍。去掉了观看斗鸡的官吏，画中的题诗，内容亦有所变化。他的题诗写道：“边廷未罢兵，山鸡亦好斗。鼓气以司晨，岂顾北门守。山家自有太平年，只合栖迟乐缶笾。厨下岂容鸡斗惯，屋头可使雀时穿？”显然他说的“山鸡”是指的农民革命军了。在他看来，应当终止这种斗争，来共同对付清的侵略。“山鸡”应当安分守已，在缶笾寻得快乐；这是他思想保守落后的一面。但是他也认为，在屋檐底下，也不允许那些燕雀们去筑巢穿飞。他使用了屈原的诗句“燕雀乌鹊巢于堂”的典故，显然指的是在朝的奸佞之臣。当民族矛盾与阶级矛盾都同时激烈时；他把民族（在当时是国家之间矛盾）看得更加重要，主张缓和阶级矛盾，共同挽救民族的危亡。

　　就在这同一画册中，在第一幅上，项圣谟画了一丛萱花，并题诗道：“中庭日虚朗，写此欲何求。总见宜男色，难忘天下忧。”萱草，亦称宜男草，又称忘忧草，人们画它是用来表示对父母的孝顺的。在这里，项圣谟借以抒怀，不是他个人家庭，而是对整个国家民族的无限忧虑。从他又在此册中第五幅画的螃蟹题的“胡尘未扫，鱼肠鸣匣，公子无肠，亦具坚甲”诗中，可见他忧虑民族的命运。

明亡隐居

　　明朝的败亡，势在必然，内部腐朽、官场黑暗，这是项圣谟早已看透了的。又加上农民的武装革命和清兵的步步紧逼的双重打击，就象一堵即将坍塌的败墙，是扶持不起的。崇祯十四年（1641年），他创作了一套《山水册》，在第一幅《郊南晚色图》中，他题诗道：“雨过郊原，南亩乍绿。槁色未除，夕阳还烛。何是炊烟，谁深沐浴。时既昏昏，下民无告。”表现出一种无可奈何的心情。在第四幅《老树鸣秋图》中，他画了两棵枯老的树，被一阵秋风吹起，落叶纷纷而下，有的落在地上，有的飘没在水中，景象凄凉。他在画上题诗道：“老树鸣秋到枕边，起来落叶满前川。未随浪去非留恋，岂道江南别有天？”他以老树象征着明王朝，而以树叶象征着百姓。百姓离开国家就像树叶被秋风吹落离开树枝一样。从当时的国内形势来看，农民革命运动的发展，已经扩展到了陕西、河南、安徽、山东、湖北、四川等省，这些地方的老百姓都起来造反了。而江南地区的江浙一带，似乎比较平静，但是项圣谟指出，江南地区并非别有天地。老百姓没有随着农民革命的风暴和时代潮流而去，就像落到水里的树叶一样，并非对树枝有所留恋，只是时间的迟早而已。