李承乾不但不听劝告，还任用许多宦官，一同作乐。于志宁又劝谏道：“宦官身心都不健全，善于阿谀逢迎，靠着主子受宠作威作福，凭借上传下达制造祸患，所以历代都有宦官之祸，导致国家覆灭。如今殿下周围任用的全是宦官，轻慢高官，欺压朝臣，使得品级混乱，法度废弛，连路人都觉得奇怪。”太子更加不高兴。

　　后来，李承乾又私引突厥人，相互狎昵，而且不许宫中仆役轮休。于志宁再次进谏：“东宫仆役都有父母儿女，不许他们休息，有失宽厚仁爱。达哥支等突厥人，人面兽心，难以教化，把他们引进内室，甚为不妥。”李承乾大为恼怒，暗中派刺客刺杀于志宁。刺客不忍下手，于志宁这才得以幸免。

　　643年（贞观十七年），唐太宗废李承乾为庶人，东宫官属除于志宁之外全都获罪。唐太宗还抚慰他道：“听说您多次劝谏，承乾不听您的，所以到了这个地步。”不久，唐太宗立晋王李治为太子，再次任命于志宁为太子左庶子。

担任宰相

　　649年（贞观二十三年），唐太宗去世，太子李治继位，是为唐高宗。于志宁改任侍中，加封光禄大夫、燕国公，成为宰相，并监修国史。

　　651年（永徽二年），洛阳百姓李弘泰诬告太尉长孙无忌谋反，唐高宗命将其即刻斩首。于志宁劝道：“春季不宜行刑，而且诬陷谋反不是十恶不赦的大罪，请按律法等秋分后再判决。”高宗采纳。不久，于志宁被任命为尚书左仆射、同中书门下三品，又兼太子少师。
655年（永徽六年），唐高宗废黜王皇后，改立武则天为皇后。当时，太尉长孙无忌、右仆射褚遂良坚决反对，司空李勣暗中支持，而于志宁则一言不发，并未表态。

　　656年（显庆元年），于志宁改封太子太傅。659年（显庆四年），于志宁请求退休。唐高宗便解除他尚书左仆射之职，任命他为太子太师、同中书门下三品。

晚年被贬

　　不久，许敬宗诬陷于志宁党附长孙无忌，唐高宗遂将他贬为荣州刺史。

　　664年（麟德元年），于志宁改任华州刺史，因年老请求退休，获得批准。

　　665年（麟德二年），于志宁病逝，终年七十八岁。追赠幽州都督，谥号为定。

　　676年（上元三年），唐高宗追复于志宁为左光禄大夫、太子太师。

轶事典故

　　唐高宗曾赏赐于志宁、张行成、高季辅三人田产，于志宁推辞道：“臣家自从北魏以来，世代居于关中，家中颇有产业。张行成、高季辅如今才开始经营田产，希望把赐给我的土地赐给他们。”高宗非常赞赏，于是把赐给他的土地分赐给张行成、高季辅。