这时，乃颜在北部起兵反叛朝廷，朝廷诏令叶李领军征讨。当时军中将校多是蒙古人，他们与乃颜本同族，不肯出战。世祖深为忧虑。李秘密向世祖启奏“：用兵之道在于奇而不在于人多，临敌当以计取。将校既与乃蛮同族，谁肯尽力作战，徒费陛下粮饷。臣请用汉军作为前军进行步战，以大车断其退后之路，以示死战。敌人轻视我军，必不设防，我以压倒优势大军进攻，战无不胜。”帝用这一战略，果获大捷，从此以后，世祖更加认为叶李是个奇才，每次罢朝之后，必另召见论事。

　　二十四年，特拜叶李为御史中丞兼商议中书省事。李极力辞谢道“：臣本流落之人，蒙陛下知遇，备作顾问，本当竭力尽忠。然御史台要总察朝廷内外的机务，臣愚不足担此重任。且臣过去到过瘴疠之地，染上足疾，近年尤为厉害。”世祖笑道：“卿足艰于行走，心岂不可行吗？”李辞意坚决，得到允许，叩首谢恩，并奏“：臣今虽不居御史中丞之职，然御史台是天子的耳目，平常事务可呈陛下省察。至于监察御史的奏疏、西南两台的禀报，事关军国要务，与百姓的利害息息相关，应令随时呈奏，以广视听，不应什么事都要按章进行，使奏报成为形式。臣请皇上诏令各台臣，各据实奏报。”又说“：监察官员是以纠正错误为其职责，若对自己不严格要求，又如何纠察别人。其中如有贪婪和破坏法纪的人，应交刑法机关加罪惩处，以惩戒其对朝廷的欺蒙之罪。”这些都得到皇帝的肯定，从此以后，御史台的官员们都可如实奏报皇帝。

　　朝廷设尚书省，授叶李为资善大夫、尚书左丞。李又坚决辞谢道：“论臣资格，不宜担此重任。”世祖道：“商朝起用伊尹，周朝举用太公，岂都是按资格？尚书肩负着天下重任，朕烦卿担任，卿切不可推辞。”赐大小车各一，许乘小车入宫，扶上大殿。他开始制定至元钞法，又请建立太学，培养人才。他向皇帝陈述历史上历朝对教育的重视，人才辈出，从而使圣上恩德及于人民。他举荐周砥等十人为祭酒，制定学校规章制度，这些，世祖都一一批准。世祖计划把江南宋朝的宗族及大姓迁到北方来，李劝谏说：“宋朝已归顺大元，其民安于农业，今无故要迁徙，必将引起疑惧，万一有奸人乘机造乱，于国家不利。”世祖被提醒了，放弃原来的计划。升李为尚书右丞，转为资德大夫。淮、浙发生饥荒，谷价腾贵，李奏请减少江淮租税的一半，运湖广、江西粮十七万石至镇江，以赈济饥民。世祖欲征伐交趾，召李商议，李认为“：这远方小国，得之无益，大军去征讨，必耗费大量财物，且山路艰险，深入敌境，万一受到挫折，有损对远人的威望。”世祖听取了他的意见，停止征讨。