反复读了多次，感到叹息，只得把《治安疏》留在宫中数月。曾说：“这个人可和比干相比，但朕不是商纣王。”
1566年（嘉靖四十五年）秋季，明世宗生病，心情郁闷不高兴，召来阁臣徐阶议论禅让帝位给皇太子的事，世宗说：“海瑞所说的都对。朕已经病了很长时间，怎能临朝听政。”又说：“朕确实不自谨，导致身体多病。如果朕能够在偏殿议政，岂能遭受这个人的责备辱骂呢？”遂逮捕海瑞关进诏狱，追究主使的人。狱词送上后，仍然留在宫中不发布。户部有个司务叫何以尚的，揣摩皇帝没有杀死海瑞的心意，上书陈请将海瑞释放。明世宗大怒，命锦衣卫杖责何以尚一百大棒，关进诏狱，昼夜用刑审问。

　　首辅徐阶力救海瑞，有阁臣主张对海瑞处以绞刑，被徐阶和刑部尚书黄光升压了下来。

大赦出狱

　　1566年（嘉靖四十五年）农历十二月十四，明世宗驾崩，外面一般都不知道。提牢主事听说了这个情况，认为海瑞不仅会释放而且会被任用，就办了酒菜来款待海瑞。海瑞自己怀疑应当是被押赴西市斩首，恣情吃喝，不管别的。主事因此附在他耳边悄悄说：“皇帝已经死了，先生现在即将出狱受重用了。”海瑞说：“确实吗？”随即悲痛大哭，把刚才吃的东西全部吐了出来，晕倒在地，一夜哭声不断。
公元1566年，明嘉靖四十五年十二月十五日，裕王朱载垕（明穆宗）继位，国号隆庆。奉先帝世宗遗诏，赦免了以海瑞为代表的所有谏言诸臣。海瑞被释放出狱，官复原职，不久改在兵部任职。后来调大理寺任职，提拔为尚宝丞（专门管理皇帝御玺、印鉴的官员）。

　　1567年（隆庆元年），徐阶被御史齐康所弹劾，海瑞上言说：“徐阶侍奉先帝，不能挽救于神仙土木工程的失误，惧怕皇威保持禄位，实在也是有这样的事。然而自从徐阶主持国政以来，忧劳国事，气量宽宠能容人，有很多值得称赞的地方。齐康如此心甘情愿地充当飞鹰走狗，捕捉吞噬善类，其罪恶又超过了高拱。”人们赞成他的话。

　　海瑞被调往通政司，历任左通政、右通政之职。

应天巡抚

　　1570年（隆庆三年）夏天，海瑞升调右佥都御史（正三品），外放应天巡抚。辖区包括应天、苏州、常州、镇江、松江、徽州、天平、宁国、安庆、池州十府及广德州，多为江南富庶的鱼米之乡。属吏害怕海瑞的威严，贪官污吏很多自动辞职。有显赫的权贵把门漆成红色的，听说海瑞来了，改漆成黑色的。宦官在江南监督织造，见海瑞来了，就减少车马随从。