但是在实施中，蒙古人的税收很不规范，往往一年征收很多次或是临时征发摊派，弄得人民苦不堪言，大量农民逃亡，流民数量大增。耶律楚材其间又不得不采取措施编收流民，就地安置或遣送原籍；重整赋税征收制度，加强对地方征收赋税官员及各位王公大臣在投下征役的监督。

　　法制：蒙古国落后的社会组织形式决定了它的法制必然是极其幼稚的。随着蒙古国统治地区的扩大，社会治安、吏制等问题日益严重。成吉思汗生前定下的类似于部落联盟内部规矩的“扎撒”根本不能适应复杂的社会形势。当时州郡长官贪暴肆虐，富豪任意兼并土地，地痞流氓杀人越货的现象十分严重。耶律楚材针对社会现实，本着中原的若干法律原则提出了《便宜一十八事》作为临时法律。对地方官吏擅自科差、商人侵吞官物、蒙古色目贵族不纳税、贪污官物、死刑判决等方面的问题做出了具体规定。这使得当时的社会情况有一些好转。

　　蒙古人的文明程度决定了他们无法制定出合乎中原地区的法律，加上金朝由于汉化的程度较深，其《泰和律》是比较完善的法律并且比较适用于中原地区，蒙古人就偷了个懒，在占领的中原地区内采用《泰和律》。后来，元朝建立，忽必烈几乎没有重新制定什么法律，而是在《泰和律》的基础上改动了一下，颁布了《元典章》，这里面除了有汉法的结构外，还加入了适应民族等级制度的法律条文，其规定有着明显的蒙古族本有的习惯法的痕迹。

　　耶律楚材的政治愿望在忽必烈汗时期的实现。忽必烈在位时重新确立了封建的中央集权制统治体系以及相应的各种典章制度，中统、至元间的创制，奠定了有元一代的制度。

　　中央和地方官制：中央政府的军、政统治机构，主要由中书省、枢密院和御史台构成。中书省相当于金朝的尚书省，领六部，掌全国政务。枢密院“掌天下兵甲机密之务”。御史台“掌纠察百官善恶，政治得失。”中央机构还有翰林国史院，大司农司等，特设机构还有宣政院、大宗正司等。

　　地方最高行政机构，在忽必烈时为十路宣抚司，他们各自为政，有较大的自主权，当然这种自主比起各个汗国来要小得多，但是比起汉制中的中央地方关系来又要大一些，一些官员（主要是汉人）希望能加强对地方的控制，便向忽必烈提出建议（当然这符合忽必烈的意愿）。于是中央“委重臣到各地署事，行使中书省职权，简称行省”。后来成为固定的机构，成为地方与中央的有效连接。行省以下的行政机构分别为:路、府、州、县。诸王、勋戚在内地各行省的封地上仍保留相当特权，但在其行政建制方面同样被纳入郡县制体系。