景福二年（公元893年）七月李茂贞在一封写给昭宗的信中嘲笑朝廷的软弱态度，信的结尾这是那句名言，“未审乘舆播越，自此何之！”，唐昭宗勃然暴怒，与宰相杜让能商议惩罚李茂贞，杜让能却进谏道：“陛下初登大宝，国难未平，茂贞近在国门，不宜与他构怨，万一不克，后悔难追。”昭宗大骂让能：“王室日卑，号令不出国门，这正志士愤痛的时候，朕不能坐视陵夷，卿但为朕调兵输饷，朕自委诸王用兵，成败与卿无干。”战争是打响了，但朝廷的军队还是以失败告终，李茂贞领兵进军长安问罪。忠心的宰相杜让能站出来，用性命为昭宗化解了一难。此后大臣们也和昭宗走的远了。

　　乾宁二年，李茂贞又指使宦官杀死了另一个宰相崔绍纬，再次移师长安，昭宗被迫逃往河东去寻求李克用的庇护。而走到半路被李茂贞的盟友，华州刺史韩建追上，韩建恐吓昭宗说：“车驾渡河，无复还期。”挟持昭宗于乾宁三年七月十七抵达华州，堂堂一国之君就这样被大臣幽禁了将近三年，期间皇室宗亲覃王嗣周，延王戒丕，通王滋，沂王禋，彭王惕，丹王允，及韶王、陈王、韩王、济王、睦王等十一人被杀，直到乾宁五年。

　　这一年朱温占据了东都洛阳，局势发生了重大变化。这导致李茂贞、韩建和李克用建立暂时的联盟，他们决定宁可让昭宗回到长安，也不能让他落到朱温手里。于是昭宗在乾宁五年的八月回到长安，同时宣布改元“光化”，以资庆祝。

　　一回到长安，在宦官和官僚们之间的旧有矛盾又引起了另一场危机。以中尉刘季述为首的宦官垂死挣扎，进行最后的抗争，他们策划废黜昭宗，拥立太子。光化三年（公元900年）十一月，宦官们实现了他们的计划，将昭宗关在了他最熟悉的少阳院，为了防止昭宗逃跑，又熔铁浇在锁上，每日的饭食则从墙跟挖的小洞里送进去。

　　但是宦官们害怕李克用、李茂贞和韩建等人会兴师问罪，将包袱抛给了朱温。而朱温并不想在残酷的宫廷政治中使自己陷得太深，相反他派人将实行政变的宦官们一个个都暗杀了，于光化四年拥立昭宗复位，昭宗改元天复，加封朱温为梁王。

　　而李茂贞听说昭宗复位，特意从凤翔赶到长安，厚颜无耻的请求加封岐王，无功受禄，显得异常跋扈。此后宰相崔胤想借朱温的力量诛杀宦官，大宦官韩全诲则和李茂贞联合，请来李茂贞的几千兵马驻守京城，保护长安。半年后朱温领兵讨伐韩全诲，韩全诲便迫使昭宗一起逃到了凤翔。朱温紧追不舍，将凤翔城包围起来。一直围困了一年多，李茂贞守得粮草用尽，从冬到春，雨雪又多，城里每天饿死和冻死的就有一千人，唐昭宗在宫中弄个小磨，每天磨豆麦喝粥，喝得他一点力气也没有。宫人们每天也有三四人死亡，百姓更惨，吃人的现象都很普遍了，“人肉每斤值百钱，犬肉值五百钱，每日进奉御膳，就把此肉充当。”直到天复三年（公元903年）正月李茂贞实在没法再守下去了，和昭宗商量了一下，便将韩全诲等二十多名宦官斩杀，将他们的首级送给城外的朱温，同时将昭宗也交给了朱温。朱温带着到手的皇帝撤兵东去。