少时曾拜访过正任国子监直讲的梅尧臣，将自己的诗作呈梅尧臣审阅，梅尧臣阅后惊叹道：“天才如此，真太白后生也！”并作《采石月》赠他。当时的诗坛名将郑獬、潘兴嗣等也纷纷以“江南又有谪仙人、“人疑太白是重生”等诗句称誉郭祥正。
皇祐五年（1053）中进士，授秘书阁校理，迁星子县（今江西）主簿。任职期间，性格与上司不合，至和元年（1054）弃官归寓宣城（今安徽）昭亭。嘉祐四年（1059）赴德化县（今江西九江）尉。嘉祐八年（1063）德化尉任满，适逢母卒，归家守丧。其后一直在家闲居。神宗熙宁五年（1072）知武冈（今湖南）县尉，并应辟赴权邵州防御判官，六年四月为太子中舍，与江东路家便差遣，遭谤言。八年（1075）为桐城县令。时王安石为相，实行“新政”，郭祥正拥护王安石变法，并上书奏乞天下大计，称颂王安石。王安石升他为殿中丞。他积极参与王安石的信誉之人编修三司条例官章惇“开梅山”工作。但遭王安石反对派百般诬蔑，一些人说他谀颂王安石。王安石避嫌，“耻为小人所荐，因极口陈其无行”，故而对他冷漠、轻蔑。
熙宁十年（1077）自桐城令徙为签书保信军节度判官。郭祥正自觉实难做人，心灰意冷，便于熙宁十一年（1078）辞官归隐姑孰青山。就在郭祥正辞官的当年，王安石也被罢官，以使相衔判江宁府。元丰四年（1081）起任汀州（今福长汀）通判，次年代理漳州（今福建）知州。时章惇执政，由于他曾“刺新法之非”，为章惇一派所忌恨，先被停职、罢官，后又入狱。直到哲宗即位后的元祐元年（1086）冤屈得伸，出狱后自号“漳南浪士”，后以覃恩转承议郎。元祐三年（1088）起为端州（今广东）知州，在任上有惠政。元祐四年（1089）阶至朝清大夫，他看清官场的险恶，奏准致仕，返乡隐居，长达二十四年。初宅居当涂城关东街西二条巷的寿俊坊。晚年，隐居青山东麓，宅号醉吟庵，俗称“郭子垅”，曾作《醉吟先生传》，有“朝霞濯鲜于水上，夕风泛凉于木末，月魄在钩，莲香满船”之句，洋溢着江南水乡的气息。隐居期间，专心释氏，自号净空居士。在居士林中，最钦服庞蕴大士，“何日许庞公”是他的平生追求。曾先后谒见白云守端、保宁仁勇等禅师，多有省悟。徽宗政和三年（1113）郭祥正病故，终年七十九岁。
宋代：郭祥正
忽忆敬亭山，翠碧千万寻。白云拂地弄晴影，黄猿啸晚清人心。
桃花流水三月深，柳絮披烟辞故林。重楼复殿据山脚，像塑制度祠非淫。
晋时谢守曾赛雨，至今石上镌遗吟。五言雅重参二典，琅琅一诵铿璆琳。
绿潭无底白玉沈，千载何人知此音。李白骑鲸出沧海，回鞭曾宿岧峣岑。
却泛虚舟弄溪月，紫霞之杯倾不歇。醉来更约崔宗之，秋水玄谈清兴发。
数公逸驾何当还，怅望英风不可攀。信道相看两不厌，古来只有敬亭山。
宋代：郭祥正
我爱张御史，酒船打拍浮。欲邀天下贤，尽向酒中愚。
世人虽饮酒，只知酒味不知酒意胡为乎。又闻夜归东海头，抚掌唤月当金壶。
须臾虾蟆蚀月黑，公起磨刀代天诛。虾蟆吐月入地走，玉兔还家，桂树不枯。
公方醉卧，嫦娥惊呼。且语东方苍青龙，迟迟推出赫日车。
自然月光不灭，公饮不彻，是时应笑高阳徒。
宋代：郭祥正
君作宣城幕下吏，我尝筑室青山址。三四相逢五六年，交情淡若秋江水。
水流到海无穷时，吾辈论交无衰期。明主可结亦未晚，谢安四十功非迟。
低头感事复太息，汲汲功名亦何益。君不见屈原言直沉湘水，韩信功高亦诛死。
穷达无过七十年，事业空存一张纸。
不如饮酒临春风，溪水绿净山花红。金丝玉管乱两耳，一醉三百琉璃钟。
醉来辞君登海槎，四方上下皆吾家。
宋代：郭祥正
我欲渡湖湘，君乃赴京阙。官期安可常，念此千里别。
人生几何时，倏忽变华发。难成唯功名，易往嗟日月。
在贵勿外矜，抱穷岂中热。顾彼四老人，未尝事干谒。
一朝扶太子，千载名不灭。安之命与时，为君颇详说。
西风吹月华，冷静若冰雪。何处望乡关，乡关此时节。