后来，孔融被黄巾管亥所围，情势紧急。于是派太史慈向平原国相刘备求救。刘备惊奇地说：“孔北海竟知道天下还有个刘备呢。”于是立即发兵解围。当时袁绍、曹操势力逐渐强大，而孔融知道二人终究是要篡夺汉室的，所以不愿意投靠他们。其幕僚左承祖劝孔融要结纳袁绍或者曹操，孔融怒而及其杀害。孔融自负于才气秉性，立志平定国家的危难，因为才器粗略，思想空乏，所以没有成功。

兵败奔逃
　　孔融在任六年后，被刘备上表推荐兼领青州刺史。

　　建安元年（196年），袁谭攻北海，双方战斗自春至夏，战士仅剩数百人，流矢像雨一样射来，城内已经短兵相接。孔融仍然凭几读书，谈笑自若。晚上城陷，才逃奔山东（太行山以东），妻儿都被袁谭所掳。

参议朝政
　　同年，汉献帝迁都许昌后，征召孔融为将作大匠，又升任少府。每逢朝会访问召对之时，孔融常引证定议，公卿大夫都不过挂名而已。

　　之前，太傅马日磾奉命出使山东，到了淮南时，多次有求于袁术，袁术于是轻视侮辱他，夺走他的符节，又不准他离开，还要强迫他任军师。马日磾忧愤自己至极，于是呕血而死。等到马日磾遗体送回京师，朝廷想加以礼葬，孔融于是独自陈说：“马日磾凭上公的尊贵身份，持天子的髦节，奉命处理地方事务，安宁东夏，竟然取媚奸臣，被他所指使，所上章表署名补用，马日磾都是第一个。依附下级，欺骗朝廷，奸诈事君。从前国佐敌晋军，不为其折服，宜僚当着白晃晃的刀而面不改色。朝廷大臣难道可以受威胁为借口吗？而且袁术越级叛逆，不是一朝一夕的事，与日磾随从，周旋历年。《汉律》规定：与罪人往来三天以上，都应该知道他的情况。《春秋》说：鲁叔孙得臣死了，为了不张扬襄仲的罪贬，不写日子。郑讨伐幽公，砍薄子家的棺材，因为他杀君的缘故。陛下可怜旧臣，不忍追究定罪，已经很宽大了，不应该再加礼。”朝廷采纳了他的意见。

　　当时舆论大都想恢复肉刑，孔融建议说：“古时候的人浑厚朴实，善恶不别，官吏正直，刑法清明，政治没有错误。百姓有罪，都是自己的责任。末世衰微，风气教化坏乱，政治搅乱风俗，国家的法律害了人民。所以说君主没有为君之道，百姓就涣散不服，而想用古时候的刑法残废他们的肢体，这不是除恶长善的办法。纣砍断早晨涉水者的小腿，天下的人都说纣暴虐无道。从前，周有一千八百个诸侯国，天下百姓，要养一千八百个君主，如果各砍掉一人的脚，下面就有一千八百个纣呢。想风俗纯美，是绝对做不到的。并且受了刑罚的人，有不想活的意念，有求死的决心。大多铤而走险，不再回归正道。夙沙乱齐，伊戾祸宋，赵高、英布为当世大患。不但不能禁止人做坏事，正好断绝了人为善的途径。就算忠诚如鬻拳，坚持如卞和，多智如孙膑，蒙冤如巷伯，才华如司马迁，通达如子政，一遭到刀锯，死了也为人耻笑。所以太甲的思念常道，秦穆公使秦国称霸西戎，南睢之骨立，卫武公《初筵》饮酒悔过，陈汤矫诏发兵，斩郅支单于于都赖水上，魏尚的守边等等，不用再举了。大汉广开改恶之路，大都是这样。所以聪明有德的君王，深思远虑，弃短取长，政治上的措施是不随便进行改革的。”朝廷认为他的建议很好，最终没有恢复肉刑。