李密得知宇文化及粮食快要耗尽，就诈称跟他联合，以便使他的士气松懈。宇文化及不知是计，非常高兴，任凭其士兵无拘无束地吃喝，指望李密送来粮食。后来知道是个计策，宇文化及大怒，跟李密在卫州的童山脚下展开激战，从早晨战到傍晚，李密被乱箭射伤，到汲县休息。宇文化及精疲力尽粮草断绝，士卒多半叛逃，攻了一下汲县之后，迅速向北转移到了魏县。他的部将陈智略、张童仁先后带领自己的队伍归顺了李密。原先，宇文化及在东郡留下了一些军需物资，派遣他设置的刑部尚书王轨看守，到这时王轨献出东郡投降了李密。

　　正当李密和宇文化及竭力拼杀之时，王世充趁机灭掉了异己，独揽洛阳隋廷朝政。李密得知王世充专权，拒绝入朝朝见，回到了瓦岗军的根据地金墉城。当年九月，王世充趁李密战后疲惫之机发动进攻，率精兵两万、战骑两千，威逼偃师，在通济渠南岸安营扎寨，在洛水上架设浮桥，准备决战。此时的李密骄傲自满，不再体恤将士，府库中没有什么积蓄，甚至打了胜仗李密都不把战利品分给将士们，使得瓦岗军将领离心离德。贾闰甫、徐世勣等人数度相劝，遭到李密的疏远；李密反而对贪财的邴元真言听计从。

　　唐武德元年（618年），王世充乘势袭击瓦岗军，败瓦岗军数员骁将。李密得知后命王伯当据守金墉城，邴元真守洛口仓城，亲率精兵到偃师迎战。裴仁基建议李密偷袭东都，但李密不听。王世充强渡洛河，双方大战于邙山脚下，王世充大破李密。瓦岗军的裴仁基、祖君彦、程知节等被王世充所擒，邴元真、单雄信等人久不满李密，相继投降王世充。瓦岗军遭到重创，李密东逃武牢关，王伯当退守河阳。

　　李密对王伯当说：“军队打败了，长时间地劳苦了你们大家，我现在自杀，向大家谢罪。”大伙都哭泣，不能抬头仰视。李密又说：“荣幸的是诸君不肯抛弃我，当一起回关中。我虽惭愧无功，诸君一定能保全富贵。”他的府掾柳燮回答说：“从前刘盆子归附汉朝后，还能享受租赋。明公您与长安的同宗有交情，虽不曾伴随起义，然而阻击东都，截断隋军归路，使唐朝不战而据有京都，这也是您的功劳啊。”大家都说：“是的。”