先进的武器是克敌制胜的重要因素。为了提高朝鲜海军的战斗力，李舜臣还对“龟船”进行了改造。改进后的“龟船”长10余丈，宽1丈多，船身及上面的“龟壳”用硬木制作，包上铁板，敌人炮火不易伤害它。铁板上还装有密集的铁钉，使敌人在接舷战时无法攀登。船头有一个大龙头，上设两个炮眼，在行进中船内可焚烧硫磺等物，烟从龙口喷出，可以起到隐蔽自己，迷惑敌人的作用。船身四周凿有很多炮眼枪眼，便于士兵在船内向敌人发射火力。同时，船的两侧各有10面船桨，战斗时一齐划动，航行飞快，进退自如。加大后的船体可多存淡水、粮食，适合长时间、远距离航行。经李舜臣改造后的龟船马上投入成批生产，在以后的壬辰卫国战争中发挥了巨大作用。

　　1592年朝鲜壬辰卫国战争爆发后，日军20多万大军进犯朝鲜并迅速攻陷王京、开城、平壤等地，占领了大半个朝鲜半岛，韩国称这一段历史为“壬辰倭乱”。应朝鲜王朝之请，明朝派兵出援，从此开始了长达7年的中朝两国军民共同抗击日寇的战争。

　　在陆地屡战屡败的情况下，李舜臣部却于6～8月率部在玉浦、泗川和闲山岛等海战中连战皆捷，夺取制海权，粉碎日军水陆并进计划。9月任忠清、全罗、庆尚三道水军统制使。10月在釜山海战中又击沉日军海军将领九鬼嘉隆率领的敌船百余艘，日军海军之后不敢再战。

　　1597年，日本施反间计使其受诬告而被革职下狱后，调集重兵再犯朝鲜。朝鲜水军在庸将元钧指挥下几遭全灭。9月，他重被起用后，重整舰队，10月鏖战于鸣梁海峡，以12艘舰船击退330余艘敌舰，粉碎日军西进企图。随后移师古今岛（今莞岛），建立海军基地，同陈璘、邓子龙率领的中国水军组成联合舰队，对敌加强进击并实施海上封锁。

轶事典故

　　1592年4月，日本侵略者以陆军的优势兵力在朝鲜釜山登陆，同时以强大的舰队配合陆军行动。李舜臣指挥朝鲜水师奋起抗击，屡挫日本海军，牢牢地控制着制海权，迟滞了日本陆军的进攻速度。5月上旬，李舜臣水师与日本海军在玉浦洋面上展开激战。当时，日军傲气十足，不把朝鲜水师放在眼里，在玉浦港的日本战船上的大部分水兵一登岸，便进村庄抢劫去了。李舜臣乘敌不备，率85艘舰船隐蔽疾驶，直扑玉浦港，当即击沉、烧毁敌舰26艘，击毙日军1000余人，当晚又击沉击毁敌舰18艘，朝鲜水师仅一人负伤。