成化元年（1465年）十二月初一，韩雍等率领各军水陆并进，持圆盾登山，殊死作战，接连攻破石门、林峒、沙田、古营各巢穴，焚烧其房屋积聚，叛军都奔跑溃败。伐木开路，直抵横石塘以及九层楼各山。叛军又竖立栅栏好几层，凭借地势高来抗拒。官军引诱叛军发放箭石，估计快用尽了，韩雍亲自率领诸军借着树攀藤而上，另外派遣壮士从小路先上，占据山顶用火炮发石击贼。叛军抵挡不住，被打得大败。先后摧毁栅寨三百二十四个，活捉侯大狗及其同党七百八十人，斩首三千二百余级，坠入水中淹死的不计其数。大藤峡有根大藤像虹，横着交错在两山崖之间，韩雍用斧砍断大藤，将其改名为断藤峡，刻石记功而返。分兵进攻叛军余党，郁林、阳江、洛容、博白接连都被平定。

　　朱见深大喜，下诏书表彰功劳，召回赵辅等，调升韩雍为左副都御史，提督两广军务。韩雍就在各军中遣散人员，以此节约军饷，而叛军余部侯郑昂等就乘虚攻破浔州以及洛容、北流二县。韩雍被弹劾服罪，朱见深宽容韩雍。韩雍更加奋力投入发兵讨伐中。这时各地的叛乱蜂起，思恩、浔州、宾州、柳城全都被骚扰劫掠。贼流窜抢劫到广东，钦、化二州均随即被攻陷。

　　成化四年（1468）春，由于两广地大事繁，韩雍请求东西各设置巡抚，朱见深表示同意，任命陈濂抚广东，张鹏抚广西，而韩雍专门治理军事。不久韩雍因家有丧事而归。第二年，两广盗贼又起，佥事陶鲁说：“两广地势交错，应当像手臂与手指一齐使用，不能分开。最近叛贼侵犯广西，我与广东三司商议调兵，一个月还没结果，叛贼毫无畏惧之心。请求仍然任命大臣总督为好。”正好佥事林锦、巡按御使龚晟也同样的向上请求，于是撤去两巡抚，而又起用韩雍为右都御史，同以往一样总督两广军务。又过了一年的正月，韩雍上疏要求辞去所新任官职，恳求服满三年之丧。朱见深没批准。韩雍到任，派遣参将张寿、游击冯升等分路讨伐贼，摧毁忻州八砦蛮以及抢劫州县诸山的瑶人、僮人。少数民族百姓向来害怕韩雍威力，寇盗逐渐平息。

　　遭劾致仕

　　成化九年（1473年），柳州、浔州各少数民族又发动叛乱，参将杨广等俘获、斩首共九百人，正准备继续进击，而叛军攻破怀集县，兵部弹劾韩雍向朝廷奏报不实。广西镇守宦官黄沁向来恨韩雍压抑自己，借机攻击韩雍，并且说韩贪欲纵酒，滥加奖赏，胡乱开支花费，朱见深派给事中张谦等去调查，而广西布政使何宜、副使张学攴怀恨韩雍一贯轻视自己，两人在一起酝酿韩雍的罪状。张谦返朝向朱见深上奏，半为捏造半为事实地报告了韩雍的情况，朱见深最后于成化十年（1474年）三月命韩雍致仕。