吴三桂之乱可能让康熙太过嫉恨，因而做过吴三桂属下官职的人同时亦遭康熙愤恨，对于方孝标案，康熙下旨，意思说：此案已经与朝中大臣商议，案子内牵连的方姓人都是十恶不赦，丧心逆狂之徒，那个方光琛还竟然当了吴三桂的丞相，方孝标也曾在吴三桂手下当过大官，这等悖逆朝廷圣恩，为虎作伥之人不对其挫骨扬灰显然不能平朕心恨，康熙还下令将方氏族人迁出原籍，不能留于本地。这样的惩处也太过了，既然已经对方孝标挫骨扬灰，对其子孙、亲族中妻女都流放为奴，还要牵涉其他旁支族裔迁往他地，专制帝王之残忍，不通清理可见一斑。其实在这里康熙帝以及一干查审大员犯了个“张冠李戴”的错误，在吴三桂手下做宰相的方光琛并非是桐城方氏一族，跟方孝标并无族缘关系。方光琛乃安徽歙县人，他的儿子方学诗等人也在吴三桂属下为官，戴名世《南山集》中所提及的方学士并非是指方孝标，而是指的这方光琛的儿子方学诗，康熙还曾问过廷臣，此方学士可否为漏网之方学诗耶，廷臣答说不晓得，由于诗与士翻译为满语后同音，因而将方学诗误以为就是方学士，后来再翻查族谱，采晓得歙洲方氏与桐城方氏并无血亲关系。

　　康熙亡故，雍正即位后大赦，受连累的方氏族人也被赦免、准允归回原籍。康熙帝在有史以来的诸多帝王中以圣明卓著，其贤德之名不在唐太宗李世民之下，唐帝李氏一族乃鲜卑后裔这似乎已是共识，李世民胸襟广阔并无华夷之别，也未见其对先朝遗老怀旧之文有杀戮挞伐之事，这康熙皇帝枉亏晓得西方的物理算术，通达之下竟不能容忍几个旧朝年号，其心之“小”也映照出其“卑丑”。而作为戴、方两案的发难者赵申乔更是其心卑鄙，有人议论说是赵申乔之子和戴名世同科，赵诏熊状元，戴名世榜眼，可能因此结怨，此说也有可能，当时戴名世享有盛名，时论也以为状元非戴莫属，但最后钦点的却是赵申乔的儿子赵诏熊。当时人就以此以为赵申乔从中做了什么手脚，可能连戴名世也是如此认为。误会之下，结怨完全可能。若真是如此，赵申乔矫情的说自己忠君爱国与耿直就更显得卑鄙无耻了。

轶事典故

　　因著文史者采用南明年号而遭冤狱的尚有这方孝标案，此案由戴名世案牵连而来，两案并案处理，株连受死、入狱、流放者百多人。起于明时的桐城学派在江南影响广泛，桐城学派中的戴名世、方孝标两族乃桐城学派中的佼佼者，甚具威望，方孝标侄孙方苞更是一代文史大家。然而戴名世案发时候，方孝标早已亡故，但满清统治者丧心病狂的竟然将其尸身挫骨扬灰，统治者这样的心胸无不让汉人学子扼腕悲叹。

　　安徽桐城方家以古文名世，辈辈有才人，文风衍盛不衰，可以称谓为世代书香，为我国明代中叶以来，学术文化与道德上，历史贡献最著之家族。便是近代与当代，桐城方氏都可谓是名人辈出，大家如云.。如方宗诚、方东树、方守敦， 方孝岳，方东美， 方令孺，方圭德（舒芜），方治，方鸿寿，方子哥，方兆祥等等，当然钱中书老爷子的小说《围城》里的方鸿渐是不算数的，但也看出钱老以鸿渐姓方，书中也说是历代书香，说不准便是映射这方家。

　　桐城方氏不但创造了博大精深的“桐城方氏易学学派”，而且还开创了主导清文坛两百多年的“桐城派”。对名满天下的书香世家桐城方氏，梁实秋曾不无夸张地说：“桐城方氏，其门望之隆也许是仅次于曲阜孔氏。”朱彝尊云：“方氏门才之盛，甲于皖口，明善先生实浚其源。东南学者，推为帜志焉。”桐城方氏把方氏书香文化传统发扬到了登峰造极的地步，也为方氏扬名立世作出巨大的贡献，然而方家也曾蒙冤在这文字狱上。