还在陈尧叟离京赴广西上任时，同僚宋湜曾作一首《送陈尧叟赴广西漕》相送：“怜君将命拜新恩，送别都门亦断魂。雨歇佳林秋更暖，瘴连梅岭日多昏。”可见当时的广西一带被认为自然环境极其恶劣。而当时岭南风气未开化，迷信风俗浓厚，加上严重缺医少药，因此巫医盛行，人们生病之后，往往把救灾避难的希望寄托在神灵身上，多去求神问卜，而不是用药物治疗。

　　陈尧叟以医学为武器，与巫医的欺诈和百姓的愚昧作斗争，采取了一系列措施：一是发出布告，大力向百姓宣传信巫不信医的危害，告诉百姓生病求巫乃愚昧无知的表现，同时批驳、揭露巫医的欺诈行为，取缔巫医在民间的一切活动。二是大力倡导、推广医药，深入民间收集常见病的中药验方，编成《集验方》，请匠人刻碑立于交通要道，方便百姓抄录推广。《宋史·陈尧叟传》载：“岭南风俗，病者祷神不服药，尧叟有《集验方》，刻石桂州驿”。三是由官府出钱，招募郎中，配制汤药，低价或者免费向贫困家庭提供医药救助。四是积极培养地方医学人才，缓解本土医学人才短缺的矛盾。

　　经过陈尧叟大张旗鼓的宣传和批驳，百姓提高了对医学的认知水平，知道有病要用药物疗疾，不能相信巫医，许多人因此得救了。同科进士杨侃写下《送陈尧叟》一诗，赞叹他的这一善举，诗云：“马困炎天蛮岭路，棹冲秋雾瘴江流。辛勤为国亲求病，百越中无不治州。”

　　陈尧叟还在广西推广种植苎麻（多年生草本植物，茎皮含纤维质很多，劈成细丝，可以做绳子，又可织夏布）。 宋真宗咸平初，朝廷诏令诸路官员督促百姓种植桑枣，各州、县纷纷响应。陈尧叟根据广西石山多的自然条件，鼓励百姓种植苎麻。

　　陈尧叟上奏朝廷说，苎麻十年一种，一年三收，可用来纺纱织布。过去这里的夏布售价很低，因此老百姓织的多，拿到市场卖的少，经济也很困难。考虑到布帛是国家紧缺的军需物资，应倡导百姓大量纺织，再用钱、盐折合收买。希望朝廷准许当地百姓以所种苎麻，抵折桑枣之数。这样布帛得以上供，钱币货物可以下流，无论是朝廷还是老百姓，都可以得到较大利益。 真宗皇帝同意了陈尧叟的意见，这样，本来产于北方的苎麻，开始在南方推广开来。