1646年（隆武二年），陈邦彦升兵部职方司主事，监粤兵入江西，协助苏观生防守北线。清兵压境，猛攻赣州，苏观生按兵不动，逡巡观望，陈邦彦虽一再请战而未获批准。赣州失守后，清军大举入闽，攻下福州。隆武朝的武将郑芝龙公开投敌，隆武帝被俘遇害，隆武朝也步了弘光朝的后尘。此时，苏观生急于回广州拥立新主，置邦彦的凭借五岭和韩江天险，抵挡北、东两面来敌，以保住广东，建立巩固的根据地的建议于不顾，下令全军撤防。邦彦要苏观生火速率主力取道惠州和潮州，救援尚在苦撑的泉（州）、漳（州）前线守军，并请求自领一军扼守南安，抵抗北路清军的请求也未被采纳，只好一同南撤。

　　重组部队，妙计救主

　　1646年（隆武二年），陈邦彦化名潜入高明县山区重组反清武装，并会同义军余龙部进击广州、顺德两地。清将李成栋攻陷肇庆，深入广西腹地追赶永历君臣。不久，佟养甲、李成栋部清军偷袭广州，绍武政权覆亡。在广东肇庆的永历帝闻风而逃到了广西。李成栋军乘胜追入广西，永历朝廷岌岌可危。

　　陈邦彦救主心切，跑到顺德请余龙帮忙。余龙等人本是当年明将万元吉在广东招募的援赣部队，赣州失陷之后，生活无着，便在甘竹滩落草为寇，原队人马加上归附的溃兵也有二万多人。经说服，他们同意协助陈邦彦攻打广州。另一方面，陈邦彦又联络上了东莞的抗清义士张家玉，张也同意助他一臂之力。

　　眼看着大兵压境，佟养甲忽生妙计，他下令关闭城门，不准出战， 一边派出快马到广西急召李成栋回师。一边四出散播谣言说，李成栋的大军已经在回穗途中了，很快就要杀到甘竹滩去了。余龙是个大老粗，不知就里，急着要保卫他的老巢，也不知会陈邦彦，顾自撤围先走；剩下陈邦彦孤掌难鸣，也只好黯然收队。后来知道，李成栋接到广州的告急文书后，确实是很快就放弃了对桂林的包围，转而回援广州。永历君臣这回能脱离虎口，得归功于陈邦彦围魏救赵法的妙用。

　　之后，陈邦彦派门生马应房与之合兵收复顺德。接着他又相继串连东莞张家玉，南海陈子壮，顺德胡靖、梁斌，新兴梁信灼，新会黄公辅、何世熊，恩平王兴，阳江莫廷兰，东安（今云浮）何仕璋举义，合力牵制清军。李成栋被迫放弃追击永历帝，回师东下。邦彦得报，派马应房等率水军到顺德黄连乡北拦江截击，奈何寡不敌众，败于敌手。邦彦又趁李成栋进攻张家玉部之机，会同高明麦而炫、欧怀昊一举攻下江门。