顺治二年初，清廷集中军力分两路攻入陕西， 一路由英亲王阿济格率领，吴三桂为前锋；一路由豫亲王多铎率领，孔有德为前锋。李自成迎击清军于潼关，经过激烈的战斗，农民军放弃西安，东下湖广。四月，农民军来到湖广通山县，李自成遭到当地地主武装的袭击，死在通山九宫山。四月二十五日，清军攻占扬州。多铎陈兵江北，于五月初九占镇江。多铎遣贝勒尼堪、贝子屯济等率军追击弘光帝于太平。不久，多铎将弘光帝及伪太子一并解往北京斩首。

　　顺治三年正月，福临以肃亲王豪格为靖远大将军，率师西征四川。增定俸禄给养的规定：最高的是摄政王年俸银两千两，最低的是骁骑校三十两。二月，罢黜江南旧设部院，派遣在京户、兵、工三部满汉侍郎各一人驻江宁，分理各部事务。十月，和硕德豫亲王多铎还师北京，福临亲自出城迎接并慰劳。太和殿、中和殿修缮完成。制定皇帝行幸迎送的大礼。十二月，位育宫（即保和殿）修缮完成。福临规定诸王入朝乘坐的轿子及列朝坐次的礼仪。

　　顺治四年正月，福临因郑亲王济尔哈朗府邸殿堂的台基逾制以及擅用铜狮、铜鹤，罚银两千两。三月，《大清律》修成，福临下令停止圈地。七月，福临加封豫亲王多铎为辅政叔德豫亲王。多尔衮因为抓住把柄罢免了郑亲王济尔哈朗辅政的权力，由此，多尔衮开始一人独揽朝政。并且摄政王对皇帝停止行跪拜礼。

　　顺治五年三月，郑亲王济尔哈朗因罪被降为多罗郡王。肃亲王豪格获罪，但是福临以不忍心处置他，将其幽禁起来，不久便为多尔衮害死了。闰四月，恢复济尔哈朗和硕亲王的爵位。七月，初步设立六部汉人尚书、都察院左都御史。规定诸王、贝勒、贝子、公、公主、和硕格格等人应该使用的金器数目。八月，福临规定允许满汉官民互相嫁娶。十一月，福临于圜丘举行祭天大典，祭祀太祖皇帝。追尊太祖以上的四世为皇帝。

　　顺治六年正月，定内三院的官制。三月，豫亲王多铎薨，摄政王多尔衮还京奔丧。四月，太宗中宫皇后博尔济吉特氏薨。六月，英亲王阿济格向摄政王多尔衮争叔王衔，被多尔衮论罪并罢免他的职务。