宝庆元年（1226年），邹应龙应召入京，被授予工部尚书、兼修国史及实录院修撰，继而授刑部尚书，知贡举。可是，邹应龙这次入京供职仅几个月，就与史弥远发生激烈的冲突。史弥远大肆排除异已，连著名理学家魏了翁、真德秀都被逐贬。邹应龙力争要留住魏了翁、真德秀，不惜与史弥远闹翻脸。要求被朝廷拒绝后，邹应龙主动提出自己外放，他以敷文阁学士再次出任赣州知府。即使这样，史弥远一党还是不肯放过邹应龙，他们唆使言官以邹应龙在任地方官时擅自惩治宗室、裁减兵饷等事进行弹劾。邹应龙一气之下，辞官回乡，在家乡闲居达8年之久。
绍定二年（1229年），江西、湖南、福建等地相继暴发农民起义。尤其是晏彪起义军声势浩大，席卷包括泰宁在内的闽西北一带。邹应龙在向郡府请求发兵镇压没有结果的情况下，一面奏报朝廷，一面请淮西帅曾式中派遣精兵3500人间道入闽，协助闽军及地方势力镇压农民起义。但是，邹应龙也担心这些官兵因纪律败坏而扰民和地方豪绅乘机向参加起义的农民倒算，特地自己花钱买酒宰牛犒劳他们，希望能约束部属，使地方得到安宁。
绍定六年，史弥远卒。次年，理宗召邹应龙任徽猷阁学士知太平州。与邹应龙不和的朝臣又以邹应龙不经朝廷批准，私自调兵入闽为理由弹劾他“专擅”。因此，邹应龙只能以敷文阁学士提举玉隆万寿宫奉祠一职闲居。瑞平二年（1235年），邹应龙为礼部尚书兼侍读学士。同年十一月，元灭金后，元兵大举南下围光州，理宗诏侍从、两省、台谏诸官各陈方略。邹应龙提出选用贤能，薄徭减赋，培养国力、精兵防北、和睦南夷等十策，理宗认为“甚切直而嘉纳行之”；并派邹应龙出使交南，修复南宋与安南两国的友好关系。
嘉熙元年（1237年）二月，邹应龙拜端明殿大学士，签书枢密院事、参知政事；不久又诏授资政殿学士、知庆元府兼沿海制置使。邹应龙不就，辞职归隐故乡泰宁。他在县城南郊筑一小屋闲居，平静地过着清贫的生活。理宗亲书“南谷”两字送他，并封他为太子少保，开国公。淳祐五年（1245年）四月，邹应龙在家乡泰宁去世。
