北周静帝时，杨坚执掌朝政，召孙思邈任国子博士，孙思邈无意仕途功名，认为做高官太过世故，不能随意，固辞不受，一心致力于医学。

应诏入京
　　唐太宗即位后，召孙思邈入京师长安，见到他70多岁的人竟能容貌气色、身形步态皆如同少年一般，十分感叹，便道：“所以说，有道之人真是值得人尊敬呀！像羡门、广成子这样的人物原来世上竟是有的，怎么会是虚言呢？”太宗想授予孙思邈爵位，但被他拒绝了，仍回到乡间为民医病。

　　唐高宗显庆四年（659年），孙思邈又被接到帝都，拜谏议大夫，这次他虽留住在长安，但仍不愿当官。碍于情面就推荐了自己的徒弟刘神威，说徒弟好学，年轻有为，高宗就应允后立即安排刘神威进了太医院。

　　上元元年（674年），孙思邈年高有病，恳请返回故里。高宗特赐他良驹等物，还有已故的鄱阳公主的宅邸居住。当时的名士宋令文、孟诜、卢照邻等文学大家都十分尊敬孙思邈，以待师长的礼数来侍奉他。

退隐五台
　　孙思邈一生勤于著书，晚年隐居于故里京兆华原（今陕西省铜川市耀州区年）五台山（药王山年）专心立著，直至白首之年，未尝释卷。

　　唐永淳元年（682年），孙思邈与世长辞，享年142岁。留下遗嘱：要薄葬，不要焚烧那些纸扎的阴间器物，祭祀时不宰杀牲畜。他死后一个多月，颜色还和活着的时候一样，当抬他的尸体放入棺中时，给人的感觉就像抬的是空衣服一样。

主要成就

医学理念

　　孙思邈把医为仁术的精神具体化。他在其所著的《大医精诚》一书中写道：“凡大医治病，必当安神定志，无欲无求，先发大慈恻隐之心，誓愿普救含灵之苦。若有疾厄来求救者，不得问其贵贱贫富，长幼妍媸，怨亲善友，华夷愚智，普同一等，皆如至亲之想。亦不得瞻前顾后，自虑吉凶，护惜身命。见彼苦恼，若己有之，深心凄怆。勿避险巇、昼夜寒暑、饥渴疲劳，一心赴救，无作工夫形迹之心。如此可为苍生大医，反此则是含灵巨贼。”，“夫大医之体，欲得澄神内视，望之俨然。宽裕汪汪，不皎不昧。省病诊疾，至意深心。详察形候，纤毫勿失。处判针药，无得参差。虽曰病宜速救，要须临事不惑。唯当审谛覃思，不得于性命之上，率尔自逞俊快，邀射名誉，甚不仁矣。又到病家，纵绮罗满目，勿左右顾眄；丝竹凑耳，无得似有所娱；珍羞迭荐，食如无味；醽醁兼陈，看有若无。所以尔者，夫一人向隅，满堂不乐，而况病人苦楚，不离斯须，而医者安然欢娱，傲然自得，兹乃人神之所共耻，至人之所不为，斯盖医之本意也。”，“夫为医之法，不得多语调笑，谈谑喧哗，道说是非，议论人物，炫耀声名，訾毁诸医。自矜己德。偶然治瘥一病，则昂头戴面，而有自许之貌，谓天下无双，此医人之膏肓也。”上述的寥寥片语，已将孙思邈的高尚医德情操，展示在人们面前。