宦海沉浮

　　不久他被周兴诬陷下狱，将赴刑场行刑，武则天以魏元忠讨平徐敬业有功，特免死而发配贵州，当时传达命令的人将到刑场，先令他人飞往刑场传呼，监刑官马上释放魏元忠要他站起来。魏元忠道：“还不知道赦令是真是假，岂可随随便便就这样。”直到他听见了宣布命令，才起立致谢。观看的人都赞叹他临刑而神色不忧。

　　圣历元年（698年），魏元忠任侍御史，后升任御史中丞。后来又被来俊臣、侯思止陷害，再度流放于岭表。后来回到京师，授御史中丞。魏元忠前后三次被流放，当时的人都说他无罪。武则天曾对他说：“卿多次遭陷致罪，是何原因？”他回答说：“臣就像一匹鹿，罗织之徒，就像猎人，是想用臣的肉做羹罢了。这些人杀臣是想求得通达，臣又有何罪？”

　　圣历二年（699年），升任凤阁侍郎，任代理宰相，检校并州长史。未过多久，加授银青光禄大夫，迁任左肃政台御史大夫，兼检校洛州长史，治政清严，长安年中，相王为并州元帅，魏元忠任副职。当时奉宸令张易之曾纵容家奴欺凌百姓。魏元忠按法笞杀了家奴。权贵们莫不敬畏。当时，突厥与吐蕃多次侵犯边土，魏元忠为大总管抗击敌军，魏元忠在军中，持重自守，既未打胜仗，也未打败仗。

　　李显为太子时，魏元忠任检校太子左庶子。当时张易之、张昌宗权宠的状况一天比一天盛，倾朝官员都趋附于他们，而魏元忠曾为此上奏武则天：“臣承蒙先帝看得起，又受陛下的厚恩，不能为忠于国家尽死节，使小人能在君侧，臣之罪也。”武则天看了很不高兴。张易之、张昌宗由此含怒，趁武则天身体不好，便诬害魏元忠说他与司礼卿高戬私下同谋道：“陛下老了，我辈当挟太子而令天下。”武则天听了，便把魏元忠收入狱中，召太子李显、相王李旦及宰相到朝廷，让张昌宗与魏元忠在殿前对质，反复不能决断。张昌宗又要凤阁舍人张说做证人，张说开始答应了，等到武则天召他到殿前验问时，张说据实说魏元忠实无此证。武则天才明白魏元忠被诬害，但因张昌宗的缘故，特贬授端州高要县尉。

再任宰相

　　神龙元年（705年），李显即位后，派驿马专程召回魏元忠，授卫尉卿，任代理宰相。不久又迁任兵部尚书，主管军国大事如故。不久，又进拜侍中，兼检校兵部尚书。当时武则天驾崩，李显居丧，多不视事，军国大政，独委魏元忠代理数日。未过多久，魏元忠任中书令，加授光禄大夫，封齐国公，监修国史。