面对这突如其来的暴风骤雨，脱脱的心情是极其复杂的。当初廷臣议论治河时，有人认为中原必乱，脱脱把不同意见者压制下去后，岂料中原果然大乱。于是急忙遣兵镇压，结果事与愿违，起义烈火越扑越旺。所以在议政时，脱脱总是讳言这伤透脑筋的事。一日，妥欢贴睦尔把脱脱召去，怒责之曰：“汝尝言天下太平无事，今红军半宇内，丞相以何策待之？”脱脱汗流浃背，一时竟无言以对。

　　丞相的对策主要有二：一是加紧对汉人、南人的防范。凡议军事，汉人、南人官僚必须回避。一日，脱脱奏事内廷，事关兵权，回头看到中书左丞韩元善、中书参政韩镛随后而来、脱脱立刻命守门人拦阻不得入。于是上奏妥欢贴睦尔：“方今河南汉人反，宜榜示天下，令一概剿捕。诸蒙古色目因迁谪在外者，皆召还京师，勿令诖误。”（《庚申外史》）有一次，中书省吏员抱文牍，题为“谋反事”，送到脱脱处，脱脱视其牍，改题为“河南汉人谋反事”。这两件事说明，在关系到蒙古贵族生死存亡的关键时刻，脱脱仍然要借助民族压迫政策来维护其统治的。二是采取血腥镇压方式。颍州起义爆发后，脱脱曾派枢密院同知赫厮、秃赤率阿速军镇压，结果大败而归；不久又派其弟也先帖木儿等率十余万军进兵河南，结果在沙河不战而溃。脱脱还利用各地的地主武装——义兵来镇压起义军，其中以沈丘（今安徽临泉）的察罕帖木儿和罗山的李思齐最为凶狠，对中原红巾军威胁最大。

　　至正十二年八月，脱脱亲率大军出征徐州。当芝麻李等占领徐州后，尽有徐州附近州县，徐州地处黄河与运河交汇处，因此红巾军切断了通过漕运对大都的物资供应。九月，脱脱破徐州，进行了惨无人道的大屠杀，芝麻李被杀。脱脱班师回朝，妥欢贴睦尔加其为太师，于徐州为脱脱建生祠，立《徐州平寇碑》，以著其功绩。

　　徐州红巾军被镇压后，元军联合各地地主武装对北、南、西各部红巾军进行了疯狂的镇压，使各路红巾军被迫转入低潮。

贬死

　　在一派至正中兴、天下太平的假相下，元朝以妥欢贴睦尔为首的统治集团进一步腐化堕落了，政治更加黑暗。