淳熙十四年十月，高宗崩于德寿宫中，孝宗听闻后失声痛哭，两天不能进食，又表示要服丧三年。孝宗为了服丧，让太子赵惇参预政事。

　　淳熙十六年二月初二（公元1189年2月18日）禅位于太子，太子即位，是为宋光宗。孝宗自称太上皇，闲居慈福宫，后改名重华殿，上尊号为寿皇圣帝，继续为宋高宗服丧。

　　绍熙五年(公元1194年)五月初二，宋孝宗染疾。六月初九，孝宗在重华殿逝世，终年六十八岁。十月二十九日，上谥号为哲文神武成孝皇帝，庙号孝宗。十一月二十八日，暂殡于永阜陵。十二月十八日，在太庙附祭孝宗神主。庆元三年十一月初二，加谥号为绍统同道冠德昭功哲文神武明圣成孝皇帝。

为政举措

行政

　　孝宗吸取秦桧长期位居宰相，形成盘根错节势力的教训，大大缩短了宰执的任期。孝宗时刻提防宰执发展个人势力，结成朋党。孝宗还十分严格地遵守外戚不预政的“家法”，成功地防止了如同后来韩侂胄、贾似道以外戚擅权揽政的局面。在宰执集团内部的宰相与执政的关系上，孝宗也力图使参知政事成为牵制宰相的力量。

　　北宋初年，参知政事的设立，确实起到了分割、削弱相权的作用，而且宰执间议论政事，“自相可否，或至面相切责，退不相衔。”但是,“元丰改制”后，参知政事废而不置,其职事归中书、门下侍郎和尚书左右丞，成为宰相的属官。南宋建立后,虽复置参知政事一职，但其地位、权力和作用已不能和初设时相比。

　　此外，孝宗还加强台谏官的监察职能，其主要目标是针对宰执集团，尤其是针对宰相的。首先，孝宗将台谏官的除授权控制在自己手中，以切断宰相与台谏官之间互相援引、倚为鹰犬的关系。孝宗勤于理政，在南宋诸帝中还是出类拔萃的，用他自己的话来说就是“蚤夜孜孜不敢怠惶，每日灵时已无一则自事，思日：岂有未至者乎?则求三两事反复思虑，唯恐有失。”(《皇宋中兴两朝圣政》卷四十九)以致在他禅位光宗的前一天还在亲自除吏。通过对孝宗理政的考察，我们不难发现，在他日理万机，事必躬亲的背后，隐藏着他对大臣百官的不信任，唯恐被他们蒙弊。