宣仁太后去世，朝迁上下议论纷纷，当权者胆小畏惧，莫敢发言，范祖禹担心小人乘机兴风作浪，危害朝政，上奏皇帝不要听信谗言，遗误将来。又建议皇帝“以大公至正为心，罢安石、惠卿所造新法，而行祖宗旧政。”

　　哲宗绍圣年间，章惇执掌朝政，有意恢复王安石、吕惠卿时期颁行的新法，范祖禹上书皇帝，极力证明章惇不可大用，皇帝没有听从，于是范祖禹请求离开京城去地方。皇帝当时准备重用范祖禹，但朝廷内外反对的人为数不少，于是以龙图阁学士出知陕州。不久，有人上奏论范祖禹在撰修《神宗实录》时刊落事迹、变乱美恶，再加上曾经上书谏禁中雇乳媪事，于是连贬武安军节度副使，昭州别驾，安置永州、贺州二地；不久，又迁往宾州、元符元年(1098年)被贬至化州安置，未几卒，卒年五十八岁。

　　据记载，范祖禹“平居恂恂，口不言人过”。但遇到大是大非问题，往往坚持原则，据理力争，从不模棱两可。在皇宫里侍从皇帝，“守经据正，献纳尤多。”范祖禹为皇帝讲解《尚书》至“内作色荒，外作禽荒”时，拱手而立，再三吟诵，直到皇帝“首肯再三”，才肯罢休。每次为皇帝进讲之前，一定要端正衣冠，好似在皇上面前一般，命子弟在一旁侍立，先按讲其说，“开列古义，参之时事，言简而当，无一长语，义理明白，粲然成文。”被苏轼誉为皇帝的第一号讲官。范祖禹除参预编撰《资治通鉴》外，还独自撰有《唐鉴》十二卷，《帝学》八卷，《仁皇政典》六卷。特别是《唐鉴》十二卷，“深明唐三百年治乱，学者尊之，目为‘唐鉴公’。”

　　范祖禹的诗文集被称为《范太史集》，共五十五卷。据《四库全书总目提要》，范祖禹的文集，“世有两本，一本仅十八卷”，是明朝人程敏政从秘阁中借阅时摘钞而成，不是全本。《四库全书》收存的五十五卷本，与《宋史·艺文志》、马端临《文献通考·经籍考》所记载的卷目基本相符，大概是宋朝时的旧本。在五十五卷的《范太史集》中，卷一至卷三是诗歌；卷四至卷六是表状、札子；卷七至卷十二是表；卷十三至卷二十六是奏议；卷二十七是进故事；卷二十八至卷三十三为翰林词章；卷三十四是启状；卷三十五是赋、论、策问；卷三十六是记、序、铭、书、传；卷三十七是青词、祭告文、诔文、哀词等；卷三十八至卷五十五为墓志铭、神道碑、皇族墓志铭、石记、皇族石记等。